La vida del San Juan se fundamenta en sus diversas actividades, organizadas en Aulas. Las Aulas son pequeñas asociaciones de colegiales de carácter específico.

Gracias a la gran diversidad de Aulas podemos encontrar numerosas actividades dentro del Colegio Mayor. El abanico de posibilidades cubierto es enorme, con lo que podemos asegurar que el colegial seguro podrá encontrar y participar en un Aula que sea de su agrado.

Al frente de cada Aula se encuentra el coordinador, siempre un colegial, encargado de preparar y dirigir junto con los demás colegiales del Aula cuantas actividades, concursos, charlas, etc. crean de interés para el conjunto del San Juan.

Al final de cada curso académico los propios colegiales son los que proponen nuevas Aulas para cubrir alguna carencia que encuentren en la oferta lúdico-cultural. Reunidos en Comisión Colegial, el resto de colegiales votan si finalmente se crea o no dicha Aula.

Es gracias a esto por lo que la vida colegial en el San Juan es tan activa y aunque hay algunas Aulas que son casi perpetuas otras caen sin pena ni gloria en el olvido.